Була аналогічна біда через дискову підсистему старого хостера. Переніс сайт на швидкий віртуальний сервер від server.ua (перейти на сайт можете
тут), де стоять чисті масиви NVMe, і затримки бази повністю зникли. За рахунок віртуалізації Xen усе працює ізольовано, а швидкість завантаження сторінок зросла в рази.